La ricchezza faunistica dei fondali dei Ciclopi è rivelata dalla presenza di numerosi pesci e di tutti i gruppi di invertebrati, sia abitatori dei fondali (bentonici) sia delle acque (planctonici).
Un favorevole gioco di correnti marine mantiene sempre pulite e trasparenti le acque lungo la costa.
L'immersione all'interno dell'area protetta è regolamentata e deve essere autorizzata dall'Ente Gestore.
Visitando i fondali delle Isole Ciclopi si possono ammirare ambienti suggestivi caratterizzati da un'elevata biodiversità.
Infralitorale superiore (0-15m)
Già a pochi metri di profondità è possibile ammirare numerose specie di bavose, piccoli pesci variopinti che fanno capolino da piccoli fori nella roccia o da gusci di conchiglie che eleggono a loro rifugio.
E' pure possibile osservare branchi di salpe (Sarpa salpa) e cefali (Mugil spp.).
Osservando attentamente le rocce del fondale, è facile distinguere gli ondeggianti colonie di idrozoi, che, spesso, ospitano dei piccoli colorati organismi: i Nudibranchi, piccoli Gasteropodi privi di conchiglia.
Nei fondali della Lachea sono comuni pure le ascidie rosse (Halocynthia papillosa) e le grandi stelle rosse Echinaster sepositus e Hacelia attenuata. Tra le rocce del fondale è comune l'incontro con i paguri.
A volte è possibile scorgere un lungo filamento verde biforcato all'estremità, fuoriuscire da una fessura delle rocce o da qualche conchiglia vuota: è la proboscide della Bonellia viridis, un piccolo animale dal corpo tondeggiante che vive nascosto, e che tramite la lunga appendice fortemente estensibile convoglia verso la bocca le particelle alimentari. E' curioso il dimorfismo sessuale dei due sessi, infatti il maschio è piccolissimo e vive da ectoparassita della femmina.
Infralitorale inferiore(15m-30m)
Spingendosi più in profondità tra gli organismi più comuni spicca il verme cane (Hermodice carunculata): un bel polichete dai vivaci colori, che striscia sulle rocce o sulle alghe in cerca di prede; è armato di setole irritanti, in grado di provocare, se appena sfiorate, bruciore ed intenso dolore.
Anche l'elegante spirografo (Sabella spallanzanii) è un verme. Vive all'interno di un tubo membranoso, dal quale fuoriesce con un ciuffo di tentacoli, disposti a spirale, che utilizza per respirare e nutrirsi, catturando minute particelle di cibo.
Non è raro scorgere all'interno delle fessure delle rocce l'argenteo balenio dei saraghi (Diplodus ssp.) che in questi anfratti trovano spesso rifugio.
Verso i 15, 20 metri è comune la gorgonia gialla (Eunicella cavolinii) e le colonie incrostanti di Astroides calycularis formano dei cespugli, anche di grandi dimensioni, intensamente colorati in arancione.
La piccola magnosella Scyllarus arctus è un crostaceo che è possibile incontrare sia nei fondali rocciosi che all'interno delle praterie di Posidonia oceanica.
Nelle fenditure delle rocce, durante il giorno, si rintanano le murene (Muraena helena) dallo sguardo inquietante, mentre di notte vanno a caccia di crostacei e di altri pesci.
La vacchetta di mare (Discodoris atromaculata) è un gasteropode dal corpo nudo che può raggiungere i 15 centimetri di lunghezza e che si nutre dello strato superficiale delle spugne (Petrosia ficiformis) sulle quali è possibile incontrarla.
Ambienti sciafili
Appena oltre i 30 metri di profondità è possibile ammirare i bellissimi ventagli della Paramuricea chamaleon, colonie arborescenti di polipi di colore prevalentemente rosso, che possono superare anche il metro di altezza.
La filograna di mare (Filograna implexa), insieme di vermi gregari che formano ammassi di tubuli calcarei, predilige ambienti poco illuminati così come il riccio diadema (Centrostephanus longispinus) dai lunghissimi ma fragili aculei.
Con un po' di fortuna è possibile scorgere le aragoste con le lunghe antenne che ne rivelano la presenza quando si trovano nelle tane.
Nel fondale sabbioso circostante si può incontrare con relativa facilità una grossa ascidia biancastra, nota ai più con il nome comune di "pigna di mare" (Phallusia mammillata); tra i vertebrati, frequente il rombo (Bothus podas) che va in cerca di pesci ed invertebrati di cui si nutre.
Mare di notte
Di notte basta immergersi dalla costa, in pochi metri d'acqua, per assistere a spettacoli inattesi. Con l'oscurità i fondali si popolano di creature misteriose spesso invisibili durante il giorno. Alcuni di essi approfittano dell'oscurità per cacciare, altri cercano riparo tra le rocce o mimetizzandosi col fondale. Molti pesci di notte assumono livree completamente differenti da quelle diurne, come se indossassero una sorta di pigiama come fa la mennola (Spicara maena).
La seppia (Sepia officinalis) approfitta dell'oscurità per andare a caccia, individuata una preda, estroflette i lunghi tentacoli e cattura la vittima, nascondendosi poi nella sabbia, pronta ad un successivo agguato.
Di notte, sulla sabbia, il Phalium granulatum va a caccia di stelle marine.
Ma tra tutti chi spicca per singolarità e bellezza è l'Alicia mirabilis, la più grande attinia del Mediterraneo che può raggiungere i 40 centimetri di altezza. Di giorno si appiattisce e quasi scompare, di notte invece si trasforma e protende i lunghissimi tentacoli urticanti catturando piccoli pesci ed organismi che hanno la sfortuna di incontrarla.