La flora dell'isola Lachea é essenzialmente costituita da piante selezionate dalla trascorsa presenza dell'uomo oppure legate ad un substrato ricco in sali per la vicinanza del mare.
Piante sinantropiche e introdotte
Tra le specie sinantropiche (specie legate ad ambienti antropizzati) si rinvengono con una certa frequenza: Oryzopsis miliacea, Senecio vulgaris, Sonchus oleraceus, Thapsia garganica, Ferula communis, Urospermum picroides, Chrysanthemum coronarium. Diverse sono anche le specie introdotte a scopo ornamentale o colturale quali Casuarina equisetifolia, Opuntia ficus-barbarica, Thuja orientalis, Pittosporum tobira e Ailanthus altissima.
Piante alofile
Le stazioni direttamente interessate dall'aerosol marino sono caratterizzate dalla presenza di piante rupicole legate a suoli salati quali Reichardia picroides var. maritima, Lotus cytisoides, Crithmum maritimum, Allium commutatum, Inula crithmoides, come pure Suaeda vera ed Atriplex halimus. Nelle piccole depressioni soggette occasionalmente agli spruzzi delle onde si insedia una particolare flora di piccole specie annuali che prediligono suoli salati fra cui Plantago coronopus, Parapholis incurva, Catapodium marinum, Frankenia pulverulenta, ecc.
Piante endemiche siculo-meridionali
Significativa sotto il profilo fitogeografico è in particolare la presenza di alcune specie endemiche distribuite in Sicilia e Italia meridionale, quali Senecio squalidus, Heliotropium bocconei, Carlina hispanica ssp. globosa.
Nonostante il disturbo antropico a cui sono stati sottoposti questi ambienti, le Isole dei Ciclopi possiedono ancora un notevole interesse naturalistico e paesaggistico a prescindere dalla notevole importanza riguardante soprattutto l'ambiente sottomarino ancora integro.