Lungo le sponde del torrente Cugno di Rio si aprono le cavità del complesso ipogeo Villasmundo - S. Alfio (zona A di riserva integrale), raro esempio di carsismo ancora attivo, interessato dallo scorrimento di acque sotterranee. La Grotta Villasmundo si apre, con il suo piccolo ingresso, alla base di una parete della destra orografica del torrente Cugno di Rio e si sviluppa per circa 2,5 chilometri, in una successione di cunicoli, inghiottitoi e sale che porta al Lago Terminale profondo circa 50 metri. Si articola in un complesso sistema di morfotipi freatici (cioè originatisi in condizione di acqua in pressione) e vadosi (cioè con scorrimento di acqua libera), in parte attivi e in parte inattivi. E’ ricca di concrezioni calcitiche (stalattiti, stalagmiti, colonne, vele). Dal punto di vista idrogeologico, risulta articolata in 4 elementi fondamentali: il corso d'acqua principale (a prevalente sviluppo freatico, con portate dell'ordine di 30 litri/sec), l'affluente (a regime idrico molto variabile, con portate comprese fra i pochi litri al minuto e i 50 litri/sec), il torrente del ramo d'ingresso (a carattere temporaneo e direttamente collegato al Torrente Cugno di Rio) e il lago terminale (con una superficie di circa 400 metri quadrati).
L'ingresso della grotta S. Alfio, posto circa 60 m più a valle del precedente sempre sulla destra idraulica del T. Cugno di Rio, immette in un sistema ipogeo ben più piccolo del precedente, con uno sviluppo complessivo di oltre 400 m. La grotta deve il suo nome ad un’iscrizione incisa su una radice nei pressi dell’ingresso. E’ caratterizzata da un’alternanza di morfologie vadose e freatiche, in una successione di cunicoli, salti, laminatoi, pozzi e sale. Anche qui si riscontra la presenza di stalattiti, stalagmiti, cortine e drappeggi.
La Grotta del Vaso, infine, così denominata per il ritrovamento di un antico orcio, è una piccola cavità in stato di fossilizzazione. Il suo ingresso si apre sulla sinistra idraulica del T. Cugno di Rio. Ha una morfologia prevalentemente vadosa.
Le suddette grotte possono essere visitate solo per fini scientifici e di monitoraggio da speleologi esperti.